根据工作职责，广州市海珠区林业和湿地管理局设3个内设机构，下设2个事业单位。

　　一、办公室

　　负责协助领导处理日常工作，综合协调机关日常工作。负责办文办会、人事管理、工会、档案、财务、固定资产管理等工作。负责党的建设、党风廉政、精神文明、机要保密、统计、议案提案办理等工作。负责园区经营项目、物业等资产整合利用及监管工作。

　　二、规划建设科

　　组织编制全区林业和湿地发展规划、实施计划，统筹管理各类专项规划。负责海珠湿地旅游产业发展规划，科学合理开发海珠湿地生态旅游资源。负责湿地新建工程项目招投标、建设工作。负责园区基础设施设备维护运行工作。

　　三、保护监测科(执法科)

　　负责林业管理工作，实施林业重点生态保护修复工程、植树造林、退耕还林等工作。负责湿地保护工作，实施湿地生态修复、生态补偿，负责湿地资源的调查、监测及湿地基础数据库建设，参与做好外来物种防控工作。监督野生动植物的救护繁育、栖息地恢复发展、疫源疫病监测。承担生物多样性保护相关工作。负责开展湿地保护宣传教育，普及湿地知识。将依照法律法规规定及相关部门委托授权，组织开展海珠区内林业和湿地行政执法工作。  

　　四、广州市海珠区自然保护地管理中心（加挂“广州海珠国家湿地公园管理中心”牌子）

　　负责海珠湿地范围内市容市政、环境卫生等日常工作；负责海珠湿地范围内游客引导、客服、接待、安保、河道等管理工作；负责海珠湿地范围内果树管养、园林设计和绿化工程等日常工作；负责海珠湿地范围内建筑及其配套设施的维护和管养工作；完成上级交办的其他任务。

　　五、广州市海珠湿地科研宣传教育中心

　　负责建立健全海珠区林业和湿地保护体系，构建海珠湿地生态安全格局；负责组织开展海珠湿地范围内的生态保护、资源调查、监测、研究和评估等事务性工作；负责组建并联络专家顾问团队为海珠湿地服务；负责生态保护相关知识的科普、宣传及教育工作；负责联系相关部门及科研团队开展海珠湿地生态保护项目工作；负责开展海珠湿地生态环境的恢复重建等具体事务性工作；完成上级交办的其他任务。